Được phát triển vào năm 2000 bởi Josh Coalson. Phiên bản đóng gói đầu tiên 0.5 được phát hành vào 05/01/2001 và phiên bản 1.0 được phát hành vào ngày 20/07/2001.

Vào 29/01/2003 Xiph.Org thành lập quỹ kết hợp với dự án FLAC dưới tên Xiph.Org, Xiph.Org cũng là một kho các dạng nén miễn phí khác như Vorbis, Theora và Speex.